蜂箱是容納蜜蜂的住所。蜂箱內部需要放置巢脾以供蜜蜂居住。從活躍的蜂箱中取出巢脾會招致蜜蜂攻擊,除非在夜間操作,或在蜂箱下方點燃篝火。蜂箱可以共享花朵,但其收益在花朵數量超過60朵後會遞減。
蜂箱會探測以其為中心、半徑為5格內的區域。如果蜂箱周圍至少有10朵花,則空的巢脾有一定幾率被蜂王入駐。蜂箱周圍出現蜜蜂粒子效果即表示此過程正在進行。一個蜂箱內放置4個空巢脾能極大提高蜜蜂入駐的幾率。
如果一個蜂箱內有兩個帶有蜂王的巢脾以及一個空巢脾,兩個蜂群有可能進行繁殖,並在空巢脾中產生一隻新蜂王。這會將親代的特性傳遞給後代。特性是蜜蜂所具有的不同特質,會影響它們對周圍環境的作用效果。特性等級範圍為1到10,10為最高。
蜜蜂還會產出蜂蜜。手持空罐子對一個存有蜂蜜的蜂箱使用右鍵,可以獲得一個蜂蜜罐。打開蜂蜜罐可獲得生蜂蜜,它是糖的替代品。
手持刀在物品欄中對一個滿的巢脾按下右鍵,可以獲得蜂蠟,其用途廣泛。但請注意,這會殺死巢脾內的蜂王,務必小心操作!
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蜂蠟最重要的用途是製作防腐木材。
具有高突變性特性的蜜蜂有可能患上遺傳病。患病的蜜蜂會將疾病遺傳給後代,並且不會產蜜。